Kerugian dalam produksi mengacu pada bentuk penyimpangan atau penurunan dalam proses produksi yang mengakibatkan pengurangan output yang dihasilkan pada produk akhir. Salah satu kerugian yang dapat ditemukan pada PT. Sasa Inti Minahasa Selatan pada tahapan drilling yaitu adanya ketidaksesuaian antara output yang dihasilkan dengan target perusahaan. Untuk mengidentifikasi penyebab daripada kerugian tersebut dilakukan proses pencarian akar permasalahan dengan metode Root Cause Analysis menggunakan tools fishbone diagram dan 5 Why’s Analysis. Penggunaan tool fishbone yaitu untuk menentukan faktor-faktor penyebab utama dari kerugian. Hasil penelitian yaitu pada faktor manusia diakibatkan operator yang kurang terampil dalam mengoperasikan mesin, kurang displin dan kurang fokus dalam bekerja, serta adanya interaksi berlebih antar pekerja, faktor lingkungan yaitu area kerja terlalu panas dan bising, faktor metode yaitu pekerja yang kurang memperhatikan SOP serta air kelapa yang terbuang, faktor mesin yaitu perputaran mesin yang kurang maksimal, mata bor yang tumpul, usia mesin yang lama, faktor material yaitu batok kelapa yang sulit dilubangi. Kemudian pemanfaatan tool 5 why’s analysis untuk mencari akar permasalahan utama yang kemudian diberikan upaya-upaya untuk dapat meminimasi ataupun mengurangi terjadinya kerugian. Hasil penelitian diberikan usulan yaitu melakukan pelatihan atau sosialisasi terhadap karyawan, penambahan pekerja dan pengawas, melakukan perawatan rutin.